El objetivo principal del proyecto es disminuir la prevalencia del VIH/SIDA y la tasa de incidencia de casos positivos de tuberculosis baciloscópica hasta 55/100 000 habitantes para el año 2007. El proyecto se implementa a partir de:

1. Componente VIH/SIDA.  Promueve estilos de vida saludables en adolescentes y jóvenes en los temas ITS/VIH/SIDA, para disminuir la prevalencia de la infección VIH/SIDA en poblaciones vulnerables, la transmisión vertical de VIH de la madre al niño  y la atención integral de calidad de las personas viviendo con esta enfermedad y el acceso al tratamiento antirretroviral.
2. Componente de tuberculosis.  Promueve y fortalece la participación y organización social de las personas enfermas y de las poblaciones distritales, para disminuir la tuberculosis baciloscópica en las áreas de elevado riesgo de transmisión (AERT TB). En 70 AERT, se propone disminuir la tasa de incidencia de casos positivos de tuberculosis baciloscópica, en los nueve centros penitenciarios más grandes del país; extender la cobertura del DOTS Plus y mejorar la tasa de curación de pacientes TB MDR en las direcciones regionales de salud del país.

Estos dos componentes son abordados por la CONAMUSA que fortalece la respuesta de la sociedad civil y el Estado.  Las estrategias aplicadas para ello se basan en la participación de las poblaciones afectadas y en condiciones de vulnerabilidad como actores del cambio, el fortalecimiento de capacidades en la oferta de servicios, la generación de la demanda  informada y oportuna de los servicios, y  la expansión de capacidades con enfoques de equidad de género, interculturalidad y derechos.

He aquí algunos de los resultados alcanzados en este periodo:

En VIH/SIDA

• Se ha logrado que 29 400 adolescentes de educación secundaria reciban información mediante procesos escolarizados. 
• Se ha suministrado pruebas rápidas en CERETS y UAMS a 20 mil trabajadoras sexuales y hombres que tienen sexo con otros hombres. Se ha distribuido 1 200 000 preservativos a través de los establecimientos de salud.
• Se ha desarrollado capacidades a 1 066 profesionales de la salud en manejo de tamizaje, consejería, derechos y promoción en transmisión vertical.
• 245 393 mujeres gestantes han recibido pruebas de tamizaje  para  VIH  durante su embarazo.
• Se ha mejorado la atención con retrovirales, siendo beneficiados 9 157 personas  viviendo con VIH  en la fase de inmunodeficiencia.
• Se ha logrado que 9 406 personas viviendo con VIH  reciban pruebas de monitoreo, carga viral y CD4.
• Se ha promovido la conformación y participación en seis regiones del país de las COREMUSA como instancia del Estado y la sociedad civil  en la lucha contra el VIH- SIDA y la tuberculosis.

En Tuberculosis

• 1 533 pacientes han recibido tratamiento DOTS plus con TBMDR.
• 36 775 personas con tuberculosis han accedido al tratamiento DOTS.
• 1 327 pacientes han accedido a programas de control integral de la tuberculosis y defensa de los derechos humanos.
• 9 130 personas sintomáticos respiratorios recibieron una prueba de descarte de tuberculosis.
• 7 000 personas privadas de su libertad acceden a servicios de detección temprana de tuberculosis.
• 6 000 personas privadas de su libertad han accedido a pruebas rápidas y consejería de VIH y 220 de ellas reciben seguimiento médico y asistencia integral.

En este proceso se han identificado como lecciones aprendidas:

• La respuesta nacional  en la lucha contra el VIH/SIDA y la tuberculosis debe ser multidimensional y multi institucional, que incorpore la participación efectiva de las personas afectadas y en condiciones de vulnerabilidad.
• El proceso de descentralización regional y el funcionamiento de las COREMUSA  son determinantes en la viabilidad de los objetivos de los programas de lucha contra estas enfermedades.
• Es una fortaleza y condición de éxito contar con la diversidad de actores institucionales y sociales y modelos de gestión de los distintos objetivos de los programas del Fondo Mundial.
• Es condición necesaria intervenir con programas sólidos para modificar los entornos sociales, económicos, legales y culturales  de las personas afectadas y vulnerables haciendo sinergia con los procesos sanitarios.
• Para lograr los indicadores sanitarios es necesario que los sistemas logísticos se enfoquen con calidad, precio, oportunidad y accesibilidad, especialmente de los medicamentos y otros insumos.
• La descentralización del TARGA y de las pruebas de laboratorio para el monitoreo del TARGA (Carga viral y CD4) favorecen el desarrollo de capacidades regionales y economías en los pacientes y funcionarios.
• La coordinación de actividades con todas las instancias del Ministerio de Salud y con las contrapartes del proyecto influye significativamente en el logro del cumplimiento de los objetivos y en el compromiso posterior de los equipos de salud con la continuidad de las acciones.